29 апреля 1836 г. «Бигль» прибыл на остров Маврикий, где пробыл 10 дней. Дарвину очень понравились живописные виды острова и местные жители. Особое впечатление на него произвели индусы (английское правительство ссылало на Маврикий преступников из Индии).

«До тех пор пока я не видал этих людей, я не думал, что жители Индии так благородны на вид. Кожа у них чрезвычайно темная, а у многих стариков большие белоснежные усы и бороды; все это, вместе с воодушевлением, написанным на лицах, придает им внушительный вид. Большая часть их была сослана за убийства и другие тяжкие преступления, но иные — по причинам, которые вряд ли можно считать проступками против морали, например за неповиновение английским законам вследствие религиозных предрассудков».

Чарльз Дарвин «Дневник изысканий»

С 31 мая по 18 июня 1836 г. «Бигль» сделал остановку у мыса Доброй Надежды (южная оконечность Африки). Здесь Дарвин встретился с сэром Джоном Хершелем, начальником новой Королевской Обсерватории в Кейптауне, он был очень рад узнать, что тот интересуется естествознанием. Они беседовали о вулканах, землетрясениях, перемещениях континентов, происхождении человека и появлении новых видов.

Следующая остановка «Бигля» — остров Святой Елены (8 — 14 июля 1836 г.), поднимавшийся из океанских вод наподобие черного замка, являя собой резкий контраст с островом Маврикий. Дарвин нашел себе жилье неподалеку от могилы Наполеона, «на расстоянии не дальше полета брошенного рукой камня».

На остров Вознесения «Бигль» прибыл 19 июля. Дарвина очень заинтересовала геология этого острова: один из холмов имел широкую, слегка вогнутую вершину, заполненную многочисленными наслоениями пепла и шлаков. Эти блюдцеобразные слои, обнажаясь у края, имели вид концентрических колец разнообразных цветов, что придавало вершине необычный, фантастический вид. Изучив состав этих колец, Дарвин пришел к выводу, что ранее здесь было озеро, периодически заполняемое вулканическим пеплом.

«… можно быть уверенным, что в какую-то былую эпоху климат острова Вознесения сильно отличался от нынешнего. Да и где на земле найдется такое место, в котором при ближайшем рассмотрении не обнаружились бы признаки бесконечного круга перемен, которые претерпевала, претерпевает и будет претерпевать наша земля?»

Чарльз Дарвин «Дневник изысканий»