В естественном состоянии широко распространен в северной Евразии и Северной Америке. В Москве встречается в посадках.
Иногда в столице сажают можжевельник казацкий J. sabina L., родом из Крыма, Кавказа или Южной Сибири. У него молодые побеги имеют сильный неприятный запах, на взрослых растениях хвоя чешуевидная, расположена в 4 ряда черепитчато (у обыкновенного - иголки 1-2 см длиной по три в мутовке). Растение - очень ядовитое.