Раньше, в XIX веке и начале XX-го в Москве-реке одними из самых многочисленных рыб были подуст, язь, елец, щука. Наиболее серьезные изменения в составе рыбного населения произошли в 1960-х гг., когда в верховьях бассейна были созданы Можайское, Озернинское и Рузское водохранилища. Именно с этого момента в Москве-реке резко сокращается численность так называемых "реофильных" видов рыб, приспособленных к обитанию на быстром течении и размножающихся на галечниковых перекатах (подуст, елец, язь, голавль, жерех, пескарь). При этом возросла численность "лимнофильных" рыб, т.е. откладывающих икру на растительность (плотва, лещ, густера, окунь).

Уже в 1980-х гг. в Москве-реке преобладали плотва, лещ и окунь.