Общее число видов, встречающихся в Подмосковье, точно не известно. Можно привести лишь данные по отдельным группам. Многие таксоны совершенно не изучены, до настоящего момента в Московской области обнаруживаются не только новые для нашей территории, но и для науки виды!

Ю.Г. Гельцер (1982) в почвах Подмосковья насчитал 271 вид из типа простейших Protozoa: амебы, жгутиковые, инфузории. По его подсчетам это примерно 48 % всех видов простейших, найденных в почвах бывшего СССР.